La chiesa è stata costruita - su progetti dell'ingegnere Giorgio Pacini tra il 1986 e il 1988 - in sostituzione di una chiesa precedente, ancora esistente e che conserva al suo interno una scultura di Eustachio Errani raffigurante Maria madre della Chiesa (in latino "Mater Ecclesiae"). La cerimonia inaugurale con la posa della prima pietra della nuova chiesa avvenne nel giugno 1986 e per l'occasione fu utilizzata una pietra, trovata durante alcuni scavi in Vaticano e appartenuta all'antica basilica di San Pietro in Vaticano, benedetta da Paolo VI in occasione della chiusura del Concilio Vaticano II (Santa Maria Mater Ecclesiae è infatti la parrocchia voluta da Papa Paolo VI in ricordo del Concilio). Il nuovo edificio è stato solennemente consacrato dal cardinale vicario Ugo Poletti il 28 maggio 1988.