Il Civico Museo del Mare, per ampiezza di collezioni, situato in primo piano tra gli istituti simili esistenti in Italia e nel Mediterraneo.
Offre una documentazione della nascita e dell'affermarsi della marineria triestina, prospettando, altresì, un inquadramento storico più ampio sull'evoluzione della nave e degli strumenti di navigazione. Ci sono anche sale dedicate a personaggi e avvenimenti particolari: tra queste la sala Marconi, dove è esposto il modello del piropanfilo Elettra da cui partì il primo messaggio telegrafico senza fili, e la sala Ressel, dedicata all'inventore dell'elica. Una sezione è dedicata alla pesca in uso nell'Adriatico, un'altra all'epoca della navigazione a propulsione meccanica.

Il nucleo embrionale del Museo del Mare di Trieste può essere rintracciato nella Società? di Pesca e Pescicoltura Marina, fondata nel 1888, con l'intento di promuovere ed incrementare la pesca sulle coste orientali dell'Alto Adriatico, che nel 1904 istituiva un museo della pesca, con annesso un laboratorio biologico.
Alle prime collezioni se ne aggiunsero altre, soprattutto grazie a materiali provenienti dall'Istituto Nautico di Trieste: si costituì in tal modo, con il patrocinio del Comune, una Esposizione Marittima Permanente.