Il nucleo centrale del museo è collocato nella sala macchine dell’ idrovora che ospita, ancora in ottimo stato di conservazione, due pompe centrifughe (della portata totale di 7200 litri d’acqua al secondo) che prelevavano le acque in più dalla “Campagna Vecchia Inferiore” per versarle nel mandracchio antistante e convogliarle quindi al mare tramite il Canalbianco.
La sala macchine è preceduta dall’Officina della Bonifica e da una Sala di ingresso dove il visitatore può ammirare la produzione dell’incisione di Filippo Cluverio , del 1624, nella quale viene indicata la zona Septem Mària che si estende da Altino a Ravenna e da Ostiglia al mare.