In questo sito, già a partire dal XIII secolo, si insediarono i frati francescani; dal XV secolo il Complesso divenne un importante punto di riferimento per l'intera cittadinanza cuneese e le famiglie nobili parteciparono con gandi donazioni all'abbellimento e all'ampliamento della struttura. Più tardi, l'esercito di Napoleone si impossessò dell'edificio, cacciò i frati ed utilizzò chiesa e convento come caserma e guarnigione militare; gli arredi sono dispersi in altri edifici religiosi o venduti. Dopo alterne vicende e diversi cambiamenti d'uso, dal 1980 l'intero complesso è utilizzato come luogo di attività culturali ed ospita la sede del Museo Civico.
L'interno della chiesa è diviso in tre navate: la sezione laterale sinistra lascia a vista una parte degli scavi archeologici, fruibile mediante un percorso a passerella in vetro. Un approccio attivo e coinvolgente rende visibili i resti della Chiesa più antica, evidenziando il punto di giunzione fra le due costruzioni lungo l'attuale muro perimetrale. Il recente scavo in estensione dell'edificio ha rilevato la presenza di due pavimentazioni in cocciopesto e malta, riferibili a due diverse fasi di vita dell'impianto trecentesco, e di numerose tombe a cassa, esternamente alla muratura a sud della Chiesa, alcune con arredi e cappelle fuori terra e riparate da un porticato.