L'abside reca affreschi di epoca diversa, i più antichi risalenti al XII secolo con due figure di Santi da identificare forse con San Benedetto e San Lorenzo.
Al centro dell'abside le figure di Sant'Egidio e quelle dei Santi Abdon e Sennen da ascrivere ad una fase decorativa successiva, forse coeva alla realizzazione del ciborio collocato sul lato sinistro del piano rialzato occupato dal presbiterio.
Il ciborio, caratterizzato da una volta a crociera costolonata e definito da due archi cuspidati, poggia su una colonnetta. Sotto la volta il ritratto di San Biagio e l'epigrafe che riporta l'anno di realizzazione dell'opera, il 1490.


Al di sopra della colonnetta una raffigurazione di San Sebastiano sormonta uno stemma con scrofa e ramo di quercia, l'emblema dell'universitas dei Mercanti di suini. Tale stemma sembrerebbe indicare i committenti del ciborio dedicato a San Biagio, una ricca corporazione che intratteneva stretti rapporti economici con il monastero.
Sotto il presbiterio c'è la bella cripta divisa in tre piccole navate da due slanciate colonne di reimpiego e decorata con un affresco del XIII secolo raffigurante la Vergine in trono con il Bambino.