Il sito è formato dall'eremo (detto "Rotonda di Montesiepi") e dalla grande abbazia di San Galgano (abbazia cistercense, sita ad una trentina di chilometri da Siena), ora completamente in rovina e ridotta alle sole mura, meta di grande turismo. La chiesa rispetta perfettamente i canoni della abbazie cistercensi, che erano stabiliti dalla regola di San Bernardo e prevedevano norme precise riguardo la localizzazione, lo schema distributivo degli edifici e lo sviluppo planimetrico. La abbazie dovevano sorgere lungo le più importanti vie di comunicazione per render più agevoli le comunicazioni con la casa madre; inoltre in genere erano poste vicino a fiumi (qui la Merse) per poterne sfruttare la forza idraulica; e infine in luoghi boscosi o paludosi per poterli bonificare e poi sfruttarne il terreno per coltivazioni. Dal punto di vista architettonico gli edifici dovevano essere caratterizzati di una notevole sobrietà formale. L'interno della chiesa si presenta privo della copertura e del pavimento, sostituito da terra battuta che in primavera si trasforma in un manto erboso. La chiesa ha una pianta a croce latina di 69 metri di lunghezza per 21 di larghezza ed è conclusa con un ampio transetto. Lo spazio interno è diviso longitudinalmente in tre navate di 16 campate di pilastri cruciformi. Sulla parete di destra all'altezza dell'ultima campata vi è un portale che originariamente dava accesso al chiostro e che attualmente costituisce l'ingresso principale alla chiesa. La sala capitolare era uno degli ambienti più importanti dell'abbazia in quanto vi si riuniva il capitolo dei monaci per deliberare gli atti che riguardavano il governo della comunità. Si tratta di un ambiente molto vasto, diviso in sei campate da colonne abbastanza basse che sorreggono altrettante volte a crociera. Traeva l'illuminazione da due grandi bifore con colonne binate aperte sul chiostro e da tre piccole monofore con arco a tutto sesto poste sulla parete di fondo. Dalla sala capitolare si accede ad un ambiente che è stato identificato come il parlatorio. All'estremità meridionale del piano terreno si trovava lo scriptorium, dove i monaci copiavano i manoscritti. È un ambiente molto vasto, diviso in due navate da cinque pilastri cruciformi che sorreggono delle volte a crociera con decorazioni a girali. Al piano superiore si trovava il dormitorio dei monaci, suddiviso in celle, e una cappella. E' possibile visitare l'interno dell'Abbazia, la Sala Capitolare, lo Scriptorium gli ambienti esterni come i resti del Chiostro e le aree adiacenti intorno al complesso abbaziale. Appena finiti i lavori sarà aperto alla visita il primo piano, quello dei dormitori dove si trovano le cellette dei monaci e la stanza dell'Abate.