L'unica cappella affrescata è quella dell'Assunta fatta costruire dalla famiglia Brunetti nel 1606. E' ora dedicata alla Vergine dei Sette Dolori.
All'interno di questa cappella sono collocate le reliquie di Cecilia Eusepi, beatificata il 17 giugno 2012.
Anche le altre cappelle sono di patronato privato ad eccezione della Cappella di San Domenico, posta sulla tribuna a destra dell'altare maggiore.
Quest'ultima fu, infatti, realizzata dai domenicani nel 1632. Il dipinto che abbellisce oggi la cappella non raffigura, però, San Domenico, ma i Sette Santi Fondatori dell'Ordine dei Servi di Maria.
La chiesa, infatti, fu retta dai Domenicani sino al 1911 quando fu affidata da Mons. Doebbing ai Servi di Maria.
Nel 1606, a seguito del completamento della chiesa, le reliquie di San Tolomeo furono qui trasferite dalla vicina chiesa di Sant'Andrea e collocate insieme a quelle degli altri martiri sotto l'altare maggiore che fu abbellito, fra il 1663 ed il 1664, da una complessa struttura decorata con la raffigurazione scultorea del Santo.
La scultura, che riproduce San Tolomeo in abiti vescovili giacente su un fianco, fu realizzata da Giovanni Francesco De Rossi.